Rumah Sakit pertama
yang ada di Larantuka didirikan oleh Belanda di Kelurahan Lokea Kabupaten
Flores Timur pada tahun 1936. Pada tahun 1982, RSUD Larantuka yang waktu itu
masih bernama RSU Larantuka masih memiliki tiga (3) bangsal yaitu bangsal
laki-laki, bangsal perempuan dan bangsal kebidanan, serta balai pengobatan ibu
dan anak (BKIA).
Pada tahun 1984,
RSU Larantuka berpindah tempat dari Kelurahan Lokea ke Kelurahan Sarotari
hingga saat ini dan pada tahun 1987, RSU Larantuka berganti nama menjadi RSUD
Larantuka.
Sejak berlakunya
Perda No. 11 Tahun 2005 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja LembagaTeknis Daerah Kabupaten Flores Timur, maka RSUD Larantuka bukan lagi menjadi
Unit Pelaksana Teknis (UPT) dari Dinas Kesehatan Kabupaten Flores Timur
melainkan menjadi Kantor RSUD Larantuka sebagaimana Satuan Kerja RSUD Larantuka
bertanggungjawab langsung kepada Bupati Kabupaten Flores Timur. Pada tahun 2017, RSUD Larantuka berganti nama menjadi RSUD dr. Hendrikus Fernandez Larantuka.
